Perlu Uji Genetik untuk Mendeteksi Infeksi Covid-19!


Penulis: Davin H E Setiamarga Associate Professor of Molecular Biology, National Institute of Technology, Wakayama College (NITW/Wakayama KOSEN), Jepang, anggota Ikatan Ilmuwan Indonesia Internasional (I4) Asia Timur, dan diaspora cendekiawan. - 16 March 2020, 06:00 WIB
ic-biolis.org
 ic-biolis.org
 

PADA masa-masa awal covid-19 (Coronavirus Disease 2019) merebak di Kota Wuhan, pemerintah Indonesia mengirimkan pesawat terbang untuk memulangkan 238 dari 245 WNI yang tinggal di sana. Setelah dikarantina dan diamati selama 2 minggu di Pulau Natuna, mereka dinyatakan 'sehat' karena tidak menunjukkan gejala tertular covid-19 dan diizinkan keluar dari tempat karantina.

Suatu happy ending, tetapi belakangan media massa, termasuk BBC, melaporkan bahwa tidak seorang pun dari 243 WNI tersebut dites untuk mendeteksi coronavirus!

Yang menjadi masalah ialah telah dilaporkan bahwa pada sebagian pasien, covid-19 tidak memberikan gejala klinis yang jelas. Juga, coronavirus, yang bernama resmi SARS-Cov-2, ini, sudah bisa menular sejak masa inkubasinya yang selama 2-3 minggu, yaitu sebelum gejala penyakitnya timbul. Jadi, diperlukan tes yang bisa mendeteksi keberadaan virus dalam tubuh seseorang terlepas dari gejala luar.

Sebenarnya, tes atau uji apa yang dilakukan untuk mendeteksi keberadaan coronavirus dalam tubuh seseorang? Artikel Pak Dahlan Iskan di Jawa Pos bulan lalu melaporkan bahwa sebelumnya ada 10 orang yang dites di Universitas Airlangga, dengan menggunakan zat yang disebut 'primer'.

Tes atau uji dengan menggunakan 'primer' inilah yang disebut uji PCR. PCR ialah singkatan dari polymerase chain reaction atau metode reaksi berantai polimerase. Dr Nathalie McDermott dari King's College London dalam wawancaranya dengan BBC mengatakan bahwa tes PCR mampu mendeteksi keberadaan coronavirus di dalam tubuh pasien dengan akurasi yang tinggi. Tes inilah yang berhasil mendeteksi tertularnya ke-96 korban coronavirus di Indonesia per 14 Maret 2020.

Apa itu uji PCR?

Semua makhluk hidup di muka Bumi memiliki satu set gen, yaitu penentu sifat keturunan. Jadi, seandainya seorang anak memiliki bentuk mata yang mirip dengan neneknya, itu disebabkan si anak mewarisi gen-gen bentuk mata dari neneknya.

Wujud fisik dari gen-gen ini ialah suatu zat kimia yang disebut DNA. Karena jumlah DNA dalam satu sel itu sangat sedikit, ketika suatu gen hendak diteliti, diperlukan proses perbanyakan jumlah untaian DNA gen yang menjadi target penelitian.

Pada 1983, Kary Mullis mengembangkan metode PCR untuk memperbanyak DNA dengan menggunakan enzim DNA polymerase, pengendalian temperatur reaksi, dan 'primer'. Biasanya, pengendalian temperatur dilakukan secara otomatis, dengan melaksanakan reaksi PCR di mesin pengontrol suhu yang disebut thermal cycler.

Primer ialah seuntai pendek DNA yang digunakan untuk melakukan PCR terhadap gen tertentu secara spesifik. Ada primer untuk gen A, untuk gen B, dsb. Jadi, pada suatu reaksi PCR, hanya untaian DNA dari gen yang ditandai primer gen tersebut yang akan diperbanyak hingga mencapai jumlah yang bisa terdeteksi alat analisis atau sampai kasatmata.

Sebagai contoh, kita mau mengecek apakah suatu daging cincang mengandung murni daging sapi atau bercampur daging babi. Katakanlah kita memilih gen B untuk digunakan sebagai penandanya. Untuk itu, kita gunakan primer gen B khusus untuk sapi (primer B1) dan primer gen B khusus pada babi (primer B2).

Kemudian, kita mulai reaksi PCR dengan campuran yang berisi enzim DNA polymerase dan DNA yang diambil dari potongan daging yang kita ingin uji, dengan tiap-tiap primernya.

Jika daging cincang tersebut murni daging sapi, hanya reaksi PCR dengan primer B1 yang mengeluarkan hasil positif. Namun, jika ada campuran daging babinya, reaksi-reaksi PCR yang menggunakan primer B1 dan juga primer B2 akan memberikan hasil positif.

Cara pendeteksian positif/negatif ini ada beberapa, tapi cara yang paling mudah dan cepat ialah dengan elektroforesis gel. Singkatnya, DNA yang diperbanyak dimasukkan ke agar-agar dengan aliran listrik, kemudian dicampur bahan pewarna. Ketika divisualisasi, kalau hasilnya positif, akan terlihat setrip (band) DNA pada agar-agar. Namun, jika negatif, tidak terlihat apa-apa.

Cara uji PCR lainnya, yang saat ini banyak digunakan untuk mendeteksi coronavirus dalam tubuh pasien, termasuk di Jepang dan Amerika Serikat, ialah RT-PCR (real time PCR; PCR waktu nyata). Konsepnya sama dengan konsep uji PCR biasa, hanya sedikit dimodifikasi.

Istilah 'waktu nyata' berasal dari perbedaan cara pendeteksian apakah DNA suatu sampel berhasil diperbanyak atau tidak. Pada RT-PCR, zat pewarna berpendar juga dimasukkan ke cairan reaksi PCR, selain primer, enzim, dan DNA sampel. Zat pendar ini akan menyebabkan DNA yang diperbanyak jadi berpendar.

Mesin thermal cycler untuk RT-PCR berbeda dengan PCR biasa karena juga dilengkapi komponen pendeteksi cahaya sehingga hasil PCR dapat dideteksi selama berjalannya reaksi PCR secara 'waktu nyata' (real time).

Hasil tersebut akan diperlihatkan secara langsung di layar komputer yang terhubung dengan mesin thermal cycler. Untuk contoh daging cincang di atas, hasil ketika menggunakan primer B2, misalnya, pada layar komputer akan terlihat naiknya grafik yang menunjukkan diperbanyaknya gen B yang spesifik pada babi, bila ada kandungan babinya.

Jadi, langkah untuk melakukan uji PCR bagi coronavirus jenis SARS-Cov-2 ialah sebagai berikut. Pertama, cairan lendir dari saluran pernapasan (ingus ataupun dahak) dikoleksi. Dalam cairan lendir ini, akan terdapat sel-sel manusia. Bila terinfeksi, terdapat partikel-partikel virus SARS-Cov-2. Setelahnya, dilakukan berbagai reaksi kimia untuk mengisolasi seluruh DNA dari sampel tersebut.

Dalam DNA itu, berisi campuran DNA yang berasal dari manusia dan bila ada coronavirus. Setelahnya, digunakan primer untuk memperbanyak untaian DNA penanda coronavirus untuk melacak apakah dalam cairan lendir orang tersebut terkandung DNA coronavirus atau tidak. Caranya sama dengan cara untuk mendeteksi ada tidaknya daging babi di daging cincang.

Pentingnya uji PCR

Beberapa berita mengabarkan bahwa beberapa korban covid-19 hanya menunjukkan gejala klinis yang ringan atau malah tampak sehat. Juga, dilaporkan bahwa pasien sudah bisa menjadi carrier atau penyebar penyakit selama masa inkubasi virus yang diperkirakan sekitar 2 minggu, saat pasien belum menunjukkan gejala apa pun. Laporan-laporan ini menunjukkan betapa sulitnya mendiagnosis tertularnya seseorang oleh virus SARS-Cov-2. Itulah sebabnya uji PCR sangat dibutuhkan.

Memang, keakuratan uji PCR bukan 100%. Namun, jika dibandingkan dengan hanya melihat gejala klinis luar, diagnosis lewat uji PCR inilah, pada saat ini, satu-satunya cara yang paling akurat karena langsung melihat keberadaan virus lewat DNA.

Dr Brent Satterfield dari Co-Diagnostics Inc suatu laboratorium uji klinis swasta di Amerika Serikat dalam wawancaranya dengan Science News pada 6 Maret mengatakan bahwa ketepatan PCR bisa mencapai 90%.

Data dari Worldometer menunjukkan bahwa dari total jumlah penduduk Korea Selatan yang berjumlah 51,3 juta jiwa per 14 Maret, telah dilakukan tes pada 210.144 orang. Dari situ, ada 8.162 orang yang terdeteksi tertular coronavirus (laporan situs Statista).

Di Jepang, menurut data resmi terbaru pada 14 Maret dari Ministry of Health, Labour, and Welfare, dari 127 juta penduduk, ada 12.919 orang yang dites dengan kasus positif sebanyak 714 orang, yang di dalamnya tanpa gejala sebanyak 73 orang.

Sementara itu, di Indonesia, menurut data terbaru pada 14 Maret dari Kementerian Kesehatan RI, hanya 1.205 orang yang dites, dengan kasus positif 96 orang. Indonesia sangat-sangat sedikit! Padahal, data-data ini memberikan gambaran bahwa uji PCR ampuh untuk mendeteksi pasien tanpa gejala ataupun dengan gejala ringan. Namun, memang dibutuhkan target uji dalam jumlah besar untuk bisa mengetahui gambaran kondisi menyebarnya coronavirus dalam suatu negara.

Keakuratan uji PCR ini juga sangat tergantung dari cara pengambilan dan penanganan sampel yang diambil dari pasien. Misalnya, sampel tidak bisa ditaruh di suhu ruangan terlalu lama dan harus diawetkan dengan zat kimia tertentu atau didinginkan. Atau, cara pengambilan sampel lendir juga harus tepat. Jadi, ada faktor-faktor di luar uji PCR itu yang memengaruhi keakuratan uji PCR.

Seakurat apa pun cara ujinya, jika sampelnya sudah rusak, hasilnya akan sangat tidak akurat. Oleh sebab itu, pemerintah bisa mengusahakan agar faktor luar ini juga diperbaiki untuk meningkatkan keakuratan hasil tes. Misalnya, mengadakan pelatihan bagi staf lapangan di institusi medis rujukan tentang cara mengambil dan mengawetkan sampel dengan tepat dan aman atau manual pelaksanaan uji PCR yang benar.

Selain itu, pemerintah bisa mengalokasikan dana agar setiap rumah sakit rujukan memiliki thermal cycler, baik untuk PCR biasa maupun RT-PCR. Selain itu, juga mengusahakan supaya rumah-rumah sakit tersebut memiliki akses ke institusi akademik dan badan lainnya, seperti Mabes Polri, Lembaga Eijkman, berbagai universitas, atau bahkan LIPI Bioteknologi, NGO, dan perusahaan swasta yang sudah memiliki thermal cycler.

Indonesia tidak perlu melaksanakan hanya RT-PCR, tapi juga PCR biasa. Pemerintah perlu mengoordinasikan kerja sama yang netral antara para peneliti di berbagai institusi akademik dan nonakademik, lalu dengan para praktisi medis di lapangan agar pendeteksian coronavirus bisa dilakukan sebanyak dan secepat mungkin.

Saat ini, banyaknya jumlah masyarakat yang diuji PCR sering dianggap sebagai keseriusan suatu negara menghadapi covid-19. Jepang dianggap kurang cekatan karena jumlah orang yang dites relatif sedikit jika dibandingkan dengan jumlah penduduknya (hanya 1/10.000). Karena dibatasi, hanya korban yang menunjukkan gejala dan yang menjadi surveilans. Akibatnya, terlihat jumlah korban seolah-olah sedikit.

Ini memengaruhi pengambilan kebijakan. Kita bisa mencontoh Korea Selatan yang tanpa melakukan lockdown, tapi berhasil menekan jumlah orang tertular dalam waktu relatif singkat. Langkah yang diambil Korea Selatan ialah dengan meminta partisipasi masyarakat.

Pada masa-masa awal, tes digratiskan. Lalu, rakyat diizinkan untuk dites atas inisiatif sendiri, tanpa adanya gejala atau rujukan dokter. Sementara itu, surveilans dan orang-orang yang menunjukkan gejala wajib di tes. Oleh sebab itu, data yang masuk sangat besar (extensive mass testing). Itu karena kebijakan yang diambil tepat, yang meliputi komunikasi massa dan keterbukaan berita, seperti yang diberitakan BBC, LA Times, dan South China Morning Post.

Hanya pelaksanaan uji PCR secara mass testing yang akan memberikan data cukup untuk memberikan gambaran yang akurat bagaimana sebenarnya sebaran coronavirus di Indonesia. Nantinya, data ini dapat menjadi rujukan saat perumusan langkah-langkah dan kebijakan yang tepat untuk menekan penyebaran biang penyakit ini di Indonesia, termasuk untuk memutuskan perlu atau tidaknya melaksanakan tindakan drastis seperti lockdown.

BERITA TERKAIT